Микроэкологические исследования человека
методом газовой хроматогафии-масс-спектрометрии (ГХМС).

Существующая методология микробиологического обследования пациента в клинических лабораториях по разным причинам сводится к анализу всего лишь десятка родов аэробных микроорганизмов из числа энтеробактерий, аэробных кокков и псевдомонад. Невольно игнорируется большинство клинически значимых микробов из числа аэробных актинобактерий, всех анаэробов и других трудно культивируемых микроорганизмов. Число неучтенных при обследовании каждого больного составляет сотни видов, так, как давно известно, что в организме человека и в окружающей среде присутствует более пятисот видов, способных вызвать инфекционных процесс или воспаление. Пользуясь информационной мощью сети Интернет нетрудно показать, что каждый микроб является потенциально патогенным. Лактобациллы и бифидобактерии, причисляемые к абсолютно полезным микробам оказываются агентами многих воспалительных процессов, в том числе  септических состояний и эндокардита. На сегодня не вызывает сомнений, что инфекции и воспаления не являются моноэтиологичными, рано или поздно выясняется участие в них группы микроорганизмов, объединенных в генетически и трофически организованные сообщества, называемые биопленками. Сам организм человека оказывается основным источником микробов, и в первую очередь анаэробов. Анаэробы — доминанты микробиоты человека. Их места обитания – плотные мукопептиды слизистых оболочек кишечника, дыхательных путей, урогенитального тракта и закрытых от прямого доступа кислорода компартментов кожи. Аэробы не характерны для  таких мест обитания микроорганизмов. Современные научные представления о микроэкологии человека, говорят о том, что аэробы вторичны в количественном (и функциональном плане тоже) в нормальной и патофизиологии его органов. Источники инфекции, кроме особо опасных сосредоточены преимущественно внутри человека, а не в  окружающей среде. Доля анаэробов существенно превалирует над аэробами и это пора учесть в практике рутинных анализов лабораторий клинической микробиологии.

В такой ситуации аэробы, являющиеся основным объектом работы клинических лабораторий, представляются лишь как биологические маркеры основной инфекции, вызванной анаэробами.

Таким образом, существующая практика клинических бактериологических исследований имеет малую информативность и сомнительную пользу для лечения заболеваний микробной этиологии. Выход из сложившейся ситуации виден либо в расширении и углублении процедуры обследований культурально-биохимическим методом с обязательным включением в постоянную практику анаэробов и актинобактерий с усовершенствованием техники отбора проб, либо во внедрение новых технологий микробиологического анализа, лишенных недостатков, связанных с необходимостью получения биомасса живых микроорганизмов в искусственных условиях.

В этом отношении перспективен метод хромато -масс-спектрометрии микробных маркеров (ХМСмм). Метод разработан в России и с 1991 года используется для количественного анализа таксономического (родового или видового) состава микробных сообществ в медицине, экологии и биотехнологии, в основном, при научных исследованиях. В его основе лежит высокоточное определение присутствия молекулярных признаков микроорганизмов из числа их клеточных липидов – высших жирных кислот, альдегидов, спиртов и стеролов в анализируемой пробе. Определение производится высокочувствительным и селективным методом газовой хроматографии – масс спектрометрии (ГХ-МС),  позволяющим одновременно измерять более сотни микробных маркеров непосредственно в анализируемом материале — крови, моче, биоптатах, пунктатах, мокроте, и других биологических жидкостях и тканях без предварительного посева на питательные среды или использования тестовых биохимических материалов. Разработан автоматический алгоритм анализа с помощью штатных программ ГХ-МС, позволяющих определить концентрацию более 50 микроорганизмов в материале через три часа после его поступления в лабораторию.  Метод подтвержден патентами на изобретения и имеет разрешение на применение в качестве новой  медицинской технологии. Его научная обоснованность заключена в четырнадцати кандидатских и докторских диссертациях и десятках публикаций в научной периодике, в том числе в иностранных реферируемых журналах.

Пятнадцатилетний опыт применения метода микробных маркеров в клиниках Москвы и Санкт-Петербурга показал его практическую пользу в диагностике и лечении  простых и сложных патологий. Она обусловлена получением беспрецедентно большого объема информации о действующих в воспалительных процессах и при дисбиозах бактериях, особенно из числа анаэробов и некультивируемых в клинических лабораториях аэробов, а также актинобактерий, дрожжей и микроскопических грибов. Новизна аналитической процедуры, новизна и объем информации обеспечивает полное понимание микробной этиологии заболевания каждого без исключения из тысяч обследованных пациентов, с одной стороны. С другой – требует от врача принципиально новых подходов в лечении больных на основании измененных представлений о микробной экологии человека в норме и патологии.

Метод становится все более востребованным, потому, что он информативный, экспрессный и экономически эффективный. А самое главное – дает ощутимое преимущество в вылечивании хронических заболеваний, преодолении септических состояний и выяснении причин лихорадок неизвестной этиологии, а также существа нарушений общего микроэкологического гомеостаза организма человека.